1957年 国务院正式批准成立“城市建设部科学研究所”，正局级单位。

1958年 改名为“建筑工程部建筑科学研究院市政工程研究所”。

1960年 改名为“建筑设备与公共工程研究所”。

1965年 重新划归建工部直属研究所，改名为“建筑工程部市政工程研究所”。

1970年 应北京市委常委万里同志要求，全所建制下放北京市革委会领导，改名为“北京市给排水研究所”。

1971年 与北京市建筑工程研究所合并，改名为“北京市建筑工程技术研究所”。

1972年 北京市建筑工程技术研究所拆分，我所恢复名称“北京市给排水研究所”。

1973年 改名为“北京市环境保护科学研究所”，成为我国第一个环境保护科学研究机构，科研业务从水污染治理拓展到整个环保领域。

1978年 我所参加全国科学大会，会上我所“北京西郊环境质量评价研究”等12项成果荣获全国科学大会奖。

1981年 国务院批准我所为首批环境工程硕士学位授予单位。

1983年 举办北京环保所十周年庆祝暨学术报告会，万里副总理为活动做批示，李锡铭部长、曲格平局长等领导参加庆祝活动。

1994年 北京市编委会批准我所改名为“北京市环境保护科学研究院”。

2021年9月 北京市编委会批准我院所改名为“北京市生态环境保护科学研究院”。