水生态环境研究所目前有职工26人，其中研究员2人，副研究员8人，具有博士学历职工9人。研究涉及水环境规划、标准制定、技术研发与推广、水环境恢复与水资源保护等相关领域。目前，所内拥有多个专业实验室，包括水生生物培养室、水生态采样设备贮藏室、水生态标本室、水生态基础实验室、微生物培养室、化学仪器分析室、生物仪器分析及分子生物学实验室和微生物基础实验室。配备了各类仪器设备100多台(套)，除日常化学分析仪器外，还有气相质谱联用仪、超高效液相色谱仪、倒置荧光显微镜、厌氧培养箱、实验室自动化工作站、全自动固相萃取仪、荧光分光光度计、总有机碳分析仪、流式细胞仪、水生生物呼吸代谢测量系统等大型分析设备。

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